
تعداد نشریات | 13 |
تعداد شمارهها | 622 |
تعداد مقالات | 6,489 |
تعداد مشاهده مقاله | 8,606,600 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 8,199,352 |
بررسی تنوع لوکوس های صفات کمی (QTLs) مرتبط با صفت رشد در بچه ماهیان قزل آلای رنگین کمان پرورشی | ||
مجله بهره برداری و پرورش آبزیان | ||
مقاله 8، دوره 9، شماره 2، تیر 1399، صفحه 95-104 اصل مقاله (320.41 K) | ||
نوع مقاله: مقاله کامل علمی - پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22069/japu.2020.17399.1526 | ||
نویسندگان | ||
سجاد نظری* 1؛ حامد پاک نژاد2 | ||
1استادیار پژوهشی مرکز تحقیقات ژنتیک و اصلاح نژاد ماهیان سردآبی شهید مطهری یاسوج، مؤسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، یاسوج، ایران | ||
2دانشیار دانشکده شیلات و محیط زیست، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران | ||
چکیده | ||
جهت اجرای این تحقیق از 30 مولد نر و ماده قزل آلای رنگین کمان استفاده شد. پس از پرورش به مدت شش ماه، استخراج ژنوم از بچه ماهیان صورت پذیرفت. تعداد 4 جفت لوکوس صفت کمی (QTL) در این تحقیق مورد استفاده قرار گرفت. آنالیزهای مولکولی نشانگرهای QTL نظیر پیوستگی صفت-نشانگر (آماره LD) به کمک نرم افزار MapChart 2.1 انجام پذیرفت. آنالیز ارتباط بین ژنوتیپ ها و صفت رشد با استفاده از مدل خطی GLMبه کمک نرم افزار SPSS 21.0 انجام شد. با توجه به نتایج این بررسی هتروزیگوسیتی مشاهده شده (Ho) و مورد انتظار (He) در جایگاههای QTL به ترتیب بین 699/0 - 354/0 مربوط به جایگاه OMM5140 و 836/0 - 568/0 مربوط به جایگاه OMM1268 بدست آمدند. میزان درصد واریانس (PV) نیز برای صفت وزن بدن در سن 30 و 180 روزگی به ترتیب 48/18 و 24/31 محاسبه شد. همچنین در بررسی حاضر اثر اپیستازی معنی داری بین جایگاههای QTL مورد مطالعه، مشاهده نگردید. در بررسی تعادل هاردی- واینبرگ نیز در بیشتر جایگاههای مورد بررسی انحراف از تعادل هاردی– واینبرگ را مشاهده شد (p <0.05). با توجه به تنوع جایگاه ژنی کنترل کننده صفات کمی نمونه های قزل آلای رنگین کمان و از طرفی اهمیت شناسایی لوکوس های صفات کمی مرتبط با رشد، لوکوس های صفات کمی مرتبط با صفت مزبور در خانواده های ماهی قزل آلای رنگین کمان را می توان در برنامه های آینده و یا مزارع پرورشی مختلف مورد استفاده قرار داد. | ||
کلیدواژهها | ||
قزل آلای رنگین کمان؛ تنوع ژنتیکی؛ لوکوس های صفات کمی؛ بهگزینی | ||
سایر فایل های مرتبط با مقاله
|
||
مراجع | ||
1.Almasy, L., and Blangero, J. 1998. Multipoint quantitative-trait linkage analysis in general pedigrees. Am. J. Hum. Gen. 62: 1198-1211.
2.Ando, D., Kitamura, T., and Mizuno, S. 2005. Quantitative analysis of body silvering during smoltification in masu salmon using chromameter. North Am. J. Aquacul. 67: 160-166.
3.Barra, A., Christensen, K.A., Yoshida, G.M., Correa, K., Jedlicki, A., and Lhorente, J.P. 2018. Genomic predictions and genome-wide association study of resistance against Piscirickettsia salmonis in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) using ddRAD sequencing. Genes, Genomes, Genetics. 8: 1183-1194.
4.Chen, L., Peng, W., and Kong, S. 2018. Genetic mapping of head size related traits in common carp (Cyprinus carpio). Front. Gen. 9: 38.
5.Davidson, W.S. 2012. Adaptation genomics: next generation sequencing reveals a shared haplotype for rapid early development in geographicallyand genetically distant populations of rainbow trout. Mol. Ecol. 21: 219-222.
6.Feng, X., Yu, X., Fu, B., Wang, X.,Liu, H., and Pang, M. 2018. A high-resolution genetic linkage map and QTL fine mapping for growth-related traits and sex in the Yangtze River common carp (Cyprinus carpio haematopterus). BMC Genomics. 19: 1. 230-241.
7.Gao, G., Nome, T., Pearse, D.,Moen, T.M, Naish, K., and Thorgaard, G.H. 2018. A new single nucleotide polymorphism database for rainbow trout generated through whole genome resequencing. Front. Gen. 9: 147.
8.Gharbi, K., Gautier, A., Danzmann, R.G., Gharbi, S., and Sakamoto, T. 2006.A linkage map for brown trout (Salmo trutta): chromosome homeologies and comparative genome organizationwith other salmonid fish. Genetics.172: 2405-2419.
9.Ghovati, N., Farahmand, H., Rafiee, Mirvaghefi, G.H., Mohammadtaheri, A.M., and Khalili, B. 2010. Use of microsatellite associated with body weight in screening of rainbow trout brood stock population (Oncorhynchus mykiss). Iran. J. Natur. Res. 63: 1. 19-28.
10.Gutierrez, A.P., Lubieniecki, K.P., Fukui, S., Withler, R.E., and Swift, B. 2014. Detection of quantitative trait loci (QTL) related to grilsing and late sexual maturation in Atlantic salmon (Salmo salar). Mar. Biotechnol. 16: 103-110.
11.Haidle, L., Janssen, J.E., Gharbi, K., Moghadam, H.K., Ferguson, M.M., and Danzmann, R.G. 2008. Determination of quantitative trait loci (QTL) forearly maturation in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Mar. Biotechnol. (NY), 10: 579-592. 12.Hansen, M., Nielsen, E., Ruzzante, D., Bouza, C., and Mensberg, K. 2000. Genetic monitoring of supportive breeding in brown trout (Salmo trutta L.) using microsatellite DNA markers. Can. J. Fish. Aquat. Sci. 57: 2130-2139.
13.Houston, R.D., Bishop, S.C., Hamilton, A., Guy, D.R.,, Tinch, A.E., and Taggart, J.B. 2009. Detection of QTL affecting harvest traits in a commercial Atlantic salmon population. Animal Gen. 40: 753-755.
14.Knott, S.A., Elsen, J.M., and Haley, C.S. 1996. Methods for multiple-marker mapping of quantitative trait loci in half-sib populations. Theor. Appl. Gen. 93: 71-80. 15.Laghari, M.Y., Lashari, P., Zhang, X., Xu, P., Narejo, N.T., and Liu, Y. 2014. Mapping QTLs for swimming ability related traits in Cyprinus carpio L. Mar. Biotechnol. 16: 629-37.
16.Liu, S., Vallejo, R.L., Palti, Y., Gao, G., and Marancik, D.P. 2015. Identification of single nucleotide polymorphism markers associated with bacterial cold water disease resistance and spleen size in rainbow trout. Front. Gen. 6: 1-10.17.Martyniuk, C.J., Perry, G.M.L., Mogahadam, H.K., Ferguson, M.M.,and Danzmann, R.G. 2003. The genetic architecture of correlations among growth-related traits and male age at maturation in rainbow trout. J. Fish Biol. 63: 746-764.
18.Moghadam, H.K., Poissant, J., Fotherby, H., Haidle, L., and Ferguson, M.M. 2007. Quantitative trait loci for body weight, condition factor and age at sexual maturation in Arctic charr (Salvelinus alpinus): comparative analysis with rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and Atlantic salmon (Salmo salar). Mol. Gen. Genom. 277: 647-661.
19.Nazari, S., Jafari, V., Pourkazemi, M., Kolangi Miandare, H., and Abdolhay, H. 2016. Association between myostatin gene (MSTN-1) polymorphism and growth traits in domesticated rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Agric. Gen. 1: 109-115.
20.Neto, R.V.R., Yoshida, G.M., Lhorente, J.P., and Yanez, J.M. 2019. Genome-wide association analysis for body weight identifies candidate genes related to development and metabolism in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Mol. Genet. Genom. Pp: 1-9.
21.Nichols, K.M., Young, W.P., Danzmann, R.G., Robison, B.D., Rexroad, C., Noakes, M., Phillips, R.B., Bentzen, P., Spies, I., Knudsen, K., Allendorf, F.W., Cunningham, B.M., Brunelli, J., Zhang, H., Ristow, S., Drew, R., Brown, K.H., Wheeler, P.A., and Thorgaard, G.H. 2003. A consolidated linkage map for rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Animal Gen. 34: 102-115. 22.Palaiokostas, C., Kocour, M., Prchal, M., and Houston, R.D. 2018. Accuracy of genomic evaluations of juvenile growth rate in common carp (Cyprinus carpio) using genotyping by sequencing. Front. Gen. 9: 82.
23.Palti, Y., Gao, G., Liu, S., Kent, M.P., Lien, S., Miller, M.R., Rexroad, C.E., and Moen, T. 2015. The Development and Characterization of a 57K SNP Array for Rainbow Trout. Mol. Ecol. Resour. 15: 662-672.
24.Pérez, L., Winkler, F., Díaz, N., Cárcamo, C., and Silva, N. 2001. Genetic variability in four hatchery strains of coho salmon, Oncorhynchus kisutch (Walbaum), in Chile. Aqua. Res. 32: 41-46.
25.Rodrguez, F.H., Caceres, G., Lhorente, J.P., Newman, S., Bangera, R., and Tadich, T. 2018. Genetic (co)variation in skin pigmentation patterns and growth in rainbow trout. Animal. 7: 1-8.
26.Salem, M., Panerum, B., Al-Tobasei, R., Abdouni, F., and Thorgaard, G.H.2015. Transcriptome Assembly, Gene Annotation and Tissue Gene Expression Atlas of the Rainbow Trout. PLoS ONE 10(3):e0121778.
27.Sonesson, A.K., and Meuwissen, T.H.E. 2009. Testing strategies for genomic selection in aquaculture breeding programs. Gen. Select. Evol. 41: 1-9.
28.Taylor, E.B., Tamkee, P., Keeley, E.R., and Parkinson, E.A. 2011. Conservation prioritization in widespread species: the use of genetic and morphological data to assess population distinctiveness in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) from british columbia, Can. Evol. Appl. 4: 100-115.
29.Templeton, N.S. 2004. Gene and cell therapy: therapeutic mechanisms and strategies. Marcel Dekker, New York.
30.Vallejo, R.L., Liu, S., Gao, G., Fragomeni, B.O., and Hernandez, A.G. 2017. Similar genetic architecture with shared and unique quantitative trait loci for bacterial cold water disease resistance in two rainbow trout breeding populations. Front. Gen. 8: 156. 31.Voorrips, R.E. 2002. MapChart: software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs. J. Hered. 93: 77-78. 32.Wang, C.M., Lo, L.C., Zhu, Z.Y., and Yue, G.H. 2006. A genome scan QTL for growth-related traits in an F1 family from a breeding population of Asian seabass. BMC Genomics. 7: 274.
33.Wringe, R.H., Devlin, M.M., Ferguson, H.K., Moghadam, D., Sakhrani, R.G., and Danzmann Brendan, F. 2010. Growth-related quantitative trait loci in domestic and wild rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) BMC Genetics 11: 63-77.
34.Yeh, F.C., Yang, R.C., and Boyle,T. 1999. POPGENE, Version 1.31: Microsoft Window-Based Free Warefor Population Genetic Analysis. http://www.ualberta.ca/~fyeh.
35.Yoshida, G.M., Yanez, J.M., de Oliveira, C.A.L., Ribeiro, R.P., Lhorente, J.P., and de Queiroz, S.A. 2018. Mate selection allows changing the genetic variability of the progeny while optimizing genetic responseand controlling inbreeding. Aquaculture. 495: 409-414.
36.Zhao, N., Ai, W., Shao, Z., Zhu,B., Brosse, S., and Chang, J. 2005. Microsatellite assessment of Chinese sturgeon (Acipencer sinensis) genetic variability. J. Appl. Ichthyol. 21: 7-13. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 406 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 241 |