
تعداد نشریات | 13 |
تعداد شمارهها | 622 |
تعداد مقالات | 6,489 |
تعداد مشاهده مقاله | 8,605,933 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 8,199,077 |
شناسایی چند شکلی در ناحیه تنظیمی بالادست ژن های کالپاین و کالپاستاتین و ارتباط آن با برخی صفات اقتصادی در گوسفندان لری بختیاری | ||
نشریه پژوهش در نشخوار کنندگان | ||
مقاله 4، دوره 5، شماره 4، اسفند 1396، صفحه 47-60 اصل مقاله (616.7 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22069/ejrr.2017.14014.1587 | ||
نویسندگان | ||
احسان نوبخت لنگری1؛ ایوب فرهادی* 2؛ سید حسن حافظیان3؛ محسن قلی زاده3 | ||
1دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران | ||
2دانشگاه ساری | ||
3دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری | ||
چکیده | ||
سابقه و هدف: هدف از پژوهش حاضر بررسی تنوع آللی در ناحیه تنظیمی بالا دست ژنهای کالپاین و کالپاستاتین، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ژنهای مورد نظر و ارتباط آماری واریانتهای آللی با صفات وزن بدن و دنبه در گوسفند لری بختیاری بوده است. مواد و روش ها: تعداد 150 نمونه خون به طور تصادفی تهیه و DNA با روش نمکی بهینه یافته استخراج شد. سپس جفت آغازگرهای اختصاصی با نرم افزارOligo7 به ترتیب برای تکثیر قطعاتی با اندازههای 245 و 225 جفت بازی از ناحیه بالا دست ژنهای کالپاستاتین و کالپاین طراحی شدند. پس از انجام PCR فرآورده های تکثیری حاصل از جایگاه های نشانگری کالپاستاتین و کالپاین به ترتیب در معرض هضم با آنزیمهای اندونوکلئاز PstI و HaeIII قرار گرفتند. به دلیل یک شکل بودن نتایج حاصل RFLP، برای ارزیابی دقیق تر توالیهای تکثیر شده از تکنیک SSCP استفاده شد. بعد از تعیین ژنوتیپ، از هر الگوی باندی ژن کالپاین یک نمونه مورد توالی یابی قرار گرفت. برای شناسایی موتیفهای درگیر در فرآیند تنظیم ژنی و همچنین جهش های موجود در الگوهای باندی مختلف، توالیهای به دست آمده با استفاده از نرم افزارهای DNASIS MAX و BioEdit مورد بررسی قرار گرفتند. ارتباط الگوهای باندی مشاهده شده در جایگاه کالپاین با صفات وزن بدن در تولد، 3، 6 و 12 ماهگی و صفات دنبه شامل وزن، محیط بالا و پایین و ارتفاع دنبه در گوسفند لری بختیاری با استفاده از رویه Glimmix نرمافزار SAS (نسخه 1/9) مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: سه الگوی باندی مختلف A، B و C در جایگاه کالپاین در نمونه های لری بختیاری به ترتیب با فراوانی های 66، 9 و 25 در صد مشاهده شدند. ناحیه بالادست جایگاه ژنی کالپاستاتین در پژوهش حاضر یک شکل بود. تجزیه و تحلیل آماری وجود ارتباط آماری معنی داری را بین الگوهای باندی در جایگاه نشانگر کالپاین و صفت وزن تولد در گوسفندان لری بختیاری نشان داد (P | ||
کلیدواژهها | ||
ژن کالپاستاتین؛ ژن کالپاین؛ گوسفند لری بختیاری؛ ناحیه تنظیمی بالادست؛ بیوانفورماتیک | ||
مراجع | ||
1. Arthur, J.S.C. and Crawford, C. 1996. Investigation of the interaction of m-calpain with phospholipids: calpain-phospholipid interactions. Biochim. Biophys. Acta. 3: 201-206. 2. Aslaminejad, A.A., Nassiry, M.R., Eftekhari Shahroudi, R., Valizadeh, R., Javadmensh, A., Norouzy A., Samei, A. and Ghiasi, H. 2006. Study on the genetic polymorphisms of candidate genes in Karakul. J. Food Sci. Technol. 74: 21-29 (in Persian). 3. Bishop, M., Koohmaraie, M., Killefer, J. and Kappes, S. 1993. Rapid communication: restriction fragment length polymorphisms in the bovine calpastatin Gene. J. Anim. Sci. 71: 2277. 4. Boehm, M.L., Kendall, T.L., Thompson, V.F. and Goll, D.E., 1998. Changes in the calpains and calpastatin during postmortem storage of bovine muscle. J. Anim. Sci. 76: 2415-34. 5. Casas, E., White, S.N., Wheeler, T.L., Shackelford, S.D., Koohmaraie, M., Riley, D.G., Chase Jr, C.C., Johnson, D.D. and Smith, T.P.L. 2006. Effects of calpastatin and -calpain markers in beef cattle on tenderness traits. J. Anim. Sci. 84:520–525 6. Chung H., Davis, M. and Hines, H. 2001. Genetic variants detected by PCR–RFLP in intron 6 of the bovine calpastatin gene. Anim. Genet. 32: 53. 7. D’haeseleer, P. 2006. What are DNA sequence motifs? Nature Biotech. 24:423-425. 8. Dong, Y. and Zhu, H. 2005. Single-strand conformational polymorphism analysis: basic principles and routine practice. Methods Mol. Med. 108: 149-57. 9. Goll, D.E., Thompson, V.F., Li, H., Wei, W. and Cong, J. 2003. The calpain system. Physiol. Rev. 83: 731-801. 10. Hosfield, C.M., Elce, J.S., Davies, P.L. and Jia, Z. 1999. Crystal structure of calpain reveals the structural basis for Ca2+‐dependent protease activity and a novel mode of enzyme activation. The EMBO. J. 18: 6880-6889. 11. Kapprell, H. and Goll, D. 1989 Effect of Ca2+ on binding of the calpains to calpastatin. J. Biol. Chem. 264: 17888-17896. 12. Karimzadeh, S., Farhadi, A. and Tanha, T. 2016. Introduction and evaluation of livestock breeds (Iran and world). PartoVaghe Publication, Tehran, pp. 206. (In Persian). 13. Koohmaraie, M., Doumit, M. and Wheeler, T. 1996. Meat toughening does not occur when rigor shortening is prevented. J. anim. Sci. 74: 2935-42. 14. Lonergan, S.M., Ernst, C., Bishop, M., Calkins, C.R. and Koohmaraie, M. 1995. Relationship of restriction fragment length polymorphisms (RFLP) at the bovine calpastatin locus to calpastatin activity and meat tenderness. J. Anim. Sci. 73: 3608-12. 15. Ma, H., Yang, H.Q., Takano, E., Hatanaka, M. and Maki, M. 1994. Amino-terminal conserved region in proteinase inhibitor domain of calpastatin potentiates its calpain inhibitory activity by interacting with calmodulin-like domain of the proteinase. J. Biologic. Chem. 269: 24430-6. 16. Miller, S., Dykes, D. and Polesky, H. 1988. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucl. Acid. Res. 16, 1215. 17. Murachi, T. 1989. Intracellular regulatory system involving calpain and calpastatin. Biochem. Inter. 18: 263-94. 18. Nassiry, M.R., Shahroudi, F.E., Tahmoorespur, M. and Javadmanesh, A. 2007. Genetic variability and population structure in beta-lactoglobulin, calpastain and calpain loci in Iranian Kurdi sheep. Pak. J. Biol. Sci. 10: 1062-7. 19. Nassiry, M.R., Tahmoorespour, M., Javadmanesh, A., Soltani, M. and Foroutani, Far S. 2006. Calpastatin polymorphism and its association with daily gain in Kurdi sheep. Iranian J. Biotech. 4: 188-92. 20. Page, B., Casas, E., Heaton, M., Cullen, N., Hyndman, D., Morris, C., Crawford, A., Wheeler, T., Koohmaraie, M. and Keele, J. 2002. Evaluation of single-nucleotide polymorphisms in for association with meat tenderness in cattle. J. Anim. Sci. 80: 3077-85. 21. Shackelford, S., Koohmaraie, M., Cundiff, L., Gregory, K., Rohrer, G. and Savell, J. 1994. Heritabilities and phenotypic and genetic correlations for bovine postrigor calpastatin activity, intramuscular fat content, Warner-Bratzler shear force, retail product yield, and growth rate. J. Anim. Sci. 72: 857-63. 22. Shahroudi, F.E., Nassiry, M.R., Valizadh, R., Heravi-Moussavi, A., Pour, M.T. and Ghiasi, H. 2006. Genetic polymorphism at MTNR1A, CAST and CAPN loci in Iranian Karakul sheep. Iranian J. Biotech. 4: 117-22. 23. Veiseth, E., Shackelford, S., Wheeler, T. and Koohmaraie, M. 2001. Effect of postmortem storage on mu-calpain and m-calpain in ovine skeletal muscle. J. Anim. Sci. 79: 1502-8. 24. Williams, J. 2005. The use of marker-assisted selection in animal breeding and biotechnology. Rev. Sci. Tech. 24, 379-391. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 587 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 594 |