آمار
| تعداد نشریات | 14 |
| تعداد شماره‌ها | 691 |
| تعداد مقالات | 7,133 |
| تعداد مشاهده مقاله | 11,453,101 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 10,383,659 |
برآورد ضریب همخونی ژنومی در برخی گله های گاو هلشتاین استان آذربایجان شرقی با استفاده از داده های تراشه متراکم نشانگری | ||
| نشریه پژوهش در نشخوار کنندگان | ||
| مقالات آماده انتشار، اصلاح شده برای چاپ، انتشار آنلاین از تاریخ 21 شهریور 1405 اصل مقاله (490.71 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22069/ejrr.2026.24428.2038 | ||
| نویسندگان | ||
| محمدرضا شیخلو* 1؛ مهکامه رضاپور2؛ آرش جوانمرد3؛ فاطمه بحری بیناباج4؛ رشید صفری5 | ||
| 1دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی اهر، دانشگاه تبریز، ایران | ||
| 2دانش‌آموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی اهر، دانشگاه تبریز، ایران | ||
| 3دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، ایران | ||
| 4استادیار بخش تحقیقات علوم دامی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی خراسان رضوی، مشهد، ایران | ||
| 5استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی اهر، دانشگاه تبریز، ایران | ||
| چکیده | ||
| سابقه و هدف: در اصلاح نژاد گاو شیری، شدت انتخاب بالا برای بهبود برخی صفات اقتصادی و همچنین استفاده از تعداد محدودی گاو نر برتر بواسطه بهره‌گیری از تکنیک تلقیح مصنوعی، منجر به افزایش رابطه خویشاوندی بین گاوها و همچنین افزایش میانگین همخونی جمعیت شده است. مهم‌ترین نتیجه همخونی در گله‌های تجاری، کاهش در سطح صفات اقتصادی دامها است که پسروی همخونی یا افت ناشی از همخونی نامیده می‌شود. به طور معمول برای برآورد همخونی از اطلاعات شجره استفاده می‌شود. اما برآورد‌های حاصل از شجره تا حد زیادی به عمق شجره و کامل بودن آن بستگی دارد. در سال‌های اخیر همزمان با ظهور تکنیک‌های توالی‌یابی ژنوم، علاقه به استفاده از اطلاعات ژنومی برای تخمین دقیق ضرایب همخونی افزایش یافته است. هدف از تحقیق حاضر، برآورد ضریب همخونی ژنومی در برخی از گله‌های گاو هلشتاین استان آذربایجان شرقی با استفاده از اطلاعات داده‌های تراشه متراکم نشانگرهای تک نوکلئوتیدی بود. مواد و روش‌ها: در این تحقیق از اطلاعات ژنوتیپی 43 راس تلیسه متعلق به پنج واحد گاوداری شیری نژاد هلشتاین شهرستان تبریز برای برآورد همخونی ژنومی استفاده شد. فولیکولهای مو هر حیوان (80 تا 100 رشته) از ناحیه انتهای دم نمونه‌گیری شد و پس از استخراج دی ان ای با استفاده از آرایه Illumina BovineSNP50 BeadChip تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفیت داده‌ها با نرم افزار PLINK انجام گرفت. کلیه جایگاه‌های ژنی دارای نرخ فراخوانی تعیین ژنوتیپ کمتر از 95 درصد و با فراوانی آلل نادر کمتر از 01/0 از مجموعه داده‌ها کنار گذاشته شدند. همچنین جایگاه‌هایی که انحراف معنی‌داری از حالت تعادل هاردی وینبرگ داشتند شناسایی شده و از داده‌ها حذف شدند. تمام نشانگرهای تک نوکلئوتیدی واقع شده بر روی کروموزومهای جنسی X و Y نیز از مجموعه داده‌ها حذف شد. ضریب همخونی ژنومی با استفاده از روش رشته‌های هموزیگوت ژنومی برآورد گردید. یافته‌ها: از مجموع 41177 نشانگر تعیین ژنوتیپ شده، 40904 نشانگر توانستند مراحل مختلف کنترل کیفیت را بگذرانند. یک نشانگر به دلیل حداقل فراوانی آللی کمتر از01/0 درصد، 264 نشانگر به دلیل نرخ تعیین ژنوتیپ کمتر از 95 درصد در هر نمونه و 8 نشانگر به دلیل نداشتن تعادل هاردی-واینبرگ حذف شد. میانگین تعداد رشته‌های هموزیگوت ژنومی با طول 2-1، 4-2، 6-4، 8-6 و بیشتر از 16 مگاباز به ترتیب 7/25، 6/25، 20، 14/9، 8/2 برآورد شد که با افزایش طول قطعات مدنظر برای رشته‌های هموزیگوت ژنومی، میانگین تعداد قطعات در حیوان‌ها کاهش یافت. همچنین، میانگین طول قطعات رشته‌های هموزیگوت ژنومی در کلاس‌های طولی مذکور به ترتیب 3/216، 1/216، 6/197، 1/137 و 67 برآورد شد. میانگین ضریب همخونی ژنومی برآورد شده با استفاده از قطعات رشته‌های هموزیگوت ژنومی 1، 2، 4، 8 و 16 مگابازی به ترتیب 6/8، 6/8، 7، 5 و 2 درصد بود. نتیجه‌گیری: میانگین ضریب همخونی ژنومی گاوها با در نظر گرفتن قطعات رشته‌های هموزیگوت ژنومی 1 تا 2 مگابایتی، 6/8 درصد برآورد گردید. با افزایش طول قطعات مدنظر برای رشته‌های هموزیگوت ژنومی به بیشتر از 16 مگابایت، میانگین همخونی ژنومی گاوها به 2 درصد کاهش یافت. بیشتر بودن فراوانی رشته‌های هموزیگوت ژنومی کوتاه‌تر نسبت به قطعات بلندتر نشان دهنده این موضوع بود که قسمت عمده همخونی موجود در دامها مربوط به نسل‌های گذشته بود و در اثر وجود اجداد مشترک در نسل‌های دور شجره به وجود آمده است. با توجه به میانگین همخونی برای جامعه گاوهای هلشتاین، میانگین همخونی 2 درصدی برآورد شده در رشته‌های هموزیگوت ژنومی 16 مگابایتی که منعکس کننده سیستم آمیزشی اخیر استفاده شده در گله‌ها است، در سطح قابل قبولی بود. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| همخونی ژنومیک؛ رشته‌های هموزیگوت ژنومی؛ گاو هلشتاین | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 88 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 85 |
||
سامانه مدیریت نشریات علمی. طراحی و پیاده سازی از سیناوب